延慶元年（1308）に、元からの渡来僧一山一寧を開山として室町時代の初代美濃守護土岐頼貞が開基した。官寺禅寺の寺格で諸山に列した。土岐頼貞は土岐郡を本拠とし、足利尊氏の片腕として活躍し、室町時代開府後、初代美濃守護に任じられた。

龍門寺は当初岐阜市長良龍門寺、江戸時代の真福寺村に建てられた寺であるらしい（福井金弘『神渕山龍門寺等疑考』）。また実質上の開山は一山一寧の法孫太清宗渭（1321-91）、土岐頼貞の長男土岐頼直（-1350）らしい（福井金弘前掲論文）。

その後、斉藤氏の妙心寺派への帰依を受け、また応仁の乱での斉藤氏の龍門寺と寺領神渕郷の押領を経て、永世7年（1510）に雪心宗安が龍門寺の公帖を受けたのを最後に五山関係の史料からは姿を消し、その後、妙心寺派に転向したものと考えられる。

参考
七宗町教育委員会、七宗町史編纂委員会『七宗町史　通史編』（七宗町、平成5年）267-290頁